1893 წელს ბათუმში ვაჟთა გიმნაზიის გახსნის საკითხი დაისვა. 1895 წლის 26-27 ივნისს ქალაქის თვითმმართველობამ ვაჟთა გიმნაზიის შენობისათვის ზღვის სანაპიროსთან გამოყო 2 623, 95 კვ. საჟენი მიწის ფართი. 1897 წლის ივლისში ვაჟთა გიმნაზიამ ფუნქციონირება დაიწყო. 1900 წლის 26 სექტემბერს შესაძლებელი გახდა ქალთა გიმნაზიის გახსნაც. მოგვიანებით, 1923 წლისათვის, ქალთა გიმნაზიის ყოფილ შენობაში (ამჟამად №2 საშუალო სკოლა) დაფუძნდა პედაგოგიური ინსტიტუტი, რომელიც შემდეგ პედაგოგიურ ტექნიკუმად გადაკეთდა.
ვაჟთა გიმნაზიის შენობაში 1935 წელს გაიხსნა ორწლიანი სამასწავლებლო ინსტიტუტი 4 ფაკულტეტით: ქართული ენისა და ლიტერატურის, ფიზიკა-მათემატიკის, ისტორიისა და საბუნებისმეტყველო-გეოგრაფიის, რომლებსაც 1936 წელს დაემატა ფიზკულტურის, ხოლო 1938 წელს — რუსული ენისა და ლიტერატურის ფაკულტეტებიც. ინსტიტუტს შოთა რუსთაველის სახელი 1938 წელს მიენიჭა. 1945 წლის ივნისში ბათუმის სამასწავლებლო ინსტიტუტის ბაზაზე ჩამოყალიბდა პედაგოგიური ინსტიტუტი. 1974 წლისთვის ინსტიტუტში მოქმედებდა 7 ფაკულტეტი.
საქართველოს მინისტრთა კაბინეტის 1990 წლის 3 სექტემბრის №453 დადგენილებით, ბათუმის შოთა რუსთაველის სახელობის სახელმწიფო პედაგოგიური ინსტიტუტის ბაზაზე დაარსდა სახელმწიფო უნივერსიტეტი საქართველოს მთავრობის 2009 წლის 29 სექტემბრის №176 დადგენილებით უნივერსიტეტს შეუერთდა სსიპ ბათუმის ბოტანიკური ბაღი, ხოლო საქართველოს მთავრობის 2010 წლის 9 ივლისის N 185 დადგენილების საფუძველზე ნიკო ბერძენიშვილისა და ფიტოპათოლოგიის სამეცნიერო ინსტიტუტები. საქართველოს მთავრობის 2012 წლის 23 მარტის N100 დადგენილების საფუძველზე უმაღლეს საგანმანათლებლო დაწესებულებას შეეცვალა სახელი და ეწოდა ბათუმის შოთა რუსთაველის სახელმწიფო უნივერსიტეტი.